Новый CRISPR-тест повышает чувствительность диагностики туберкулёза
Ежегодно регистрируется около 10 млн новых случаев туберкулёза, а 1,6 млн пациентов погибают. В странах с низким и средним доходом свыше 35% случаев остаются недиагностированными из-за недоступности молекулярных тестов. Классические методы требуют дорогостоящего оборудования, поэтому в бедных регионах отсутствуют надёжные инструменты выявления болезни. На фоне ограничений растёт интерес к CRISPR-диагностике, но стандартные тесты сложны и требуют высокой концентрации патогена.
Исследователи из США и Китая разработали ActCRISPR-TB - одностадийный тест, объединяющий амплификацию и детекцию ДНК. Проблему подавления сигнала из-за цис-расщепления Cas12a удалось решить с помощью неклассических гидРНК к элементу IS6110 (специально подобранная направляющая РНК, которая «ведёт» фермент Cas12a к IS6110 участку генома M. Tuberculosis), которые обеспечивали минимальное цис-, но сильное транс-расщепление. Оптимизация праймеров, ионов магния, RNP (рибонуклеопротеиновый комплекс Cas-белка с направляющей РНК) и температуры позволила стабильно работать при 36-40 °C. Дополнительное усиление сигнала при использовании нескольких RNP снизило предел обнаружения до 5 копий/мкл - в 20 раз чувствительнее стандартных CRISPR-тестов.
Метод протестировали на 603 клинических образцах (мокрота, бронхоальвеолярный лаваж, кал, ликвор, мазки с языка). Подготовка материала адаптировалась под тип образца, особенно интересен анализ мазков языка - удобный для массового скрининга.
Результаты: чувствительность в мокроте 93% (100% специфичность), 85% положительных - за 15 минут. У ВИЧ-инфицированных - 80% против 40% у существующего теста GeneXpert Ultra. В бронхоальвеолярном лаваже чувствительность 96%, при туберкулёзе у детей по анализу кала - 83% при специфичности 94%. При внелёгочных формах тест выявлял 81-93% случаев. По мазкам языка - чувствительность 74% против 56% у Xpert Ultra при стопроцентной специфичности.
Для упрощения создан вариант в формате латерального проточного анализа (LFA): после инкубации при 37 °C результат оценивается визуально или через смартфон. Результата оценивается через 45-90 минут, по мазкам языка успешное выявление 17 из 24 случаев.
ActCRISPR-TB сочетает высокую чувствительность, специфичность и скорость (15-90 минут), подходит для разных образцов, включая максимально доступные мазки с языка. Это перспективный инструмент децентрализованной диагностики и массового скрининга в условиях ограниченных ресурсов.
Источник: https://pcr.news/novosti/crispr-test-dlya-diagnostiki-tuberkuleza-vyyavlyaet-infektsiyu-za-15-minut/