Исследована ДНК вируса Эпштейна – Барр в биобанках геномов человека
Ученые из США и Великобритании проанализировали последовательности ДНК вируса Эпштейна - Барр (ВЭБ), извлеченные из данных секвенирования участников крупных геномных биобанков. Они выявили генетические факторы, влияющие на персистенцию вируса, и нашли ассоциации между наличием вирусной ДНК в крови и рядом заболеваний.
ВЭБ - герпесвирус, инфицирующий более 90% населения. Вирус преимущественно поражает B-клетки. Вирусный геном прикрепляется к хроматину клетки-хозяина, однако не интегрируется в него, а образует эписому. Уровень экспрессии генов ВЭБ в эписоме определяет, находится ли вирус в активном (литическом) или в латентном состоянии.
У большинства инфицированных ВЭБ сохраняется латентно и не приводит к клиническим проявлениям. В редких случаях он связан с онкологическими заболеваниями; тяжелые формы инфекции становятся причиной 130-200 тыс. смертей ежегодно. Однако факторы, определяющие тяжесть инфекции, до конца не ясны.
При геномном секвенировании крови вместе с ДНК лимфоцитов определяется и вирусная ДНК. Авторы исследования, результаты которого опубликованы в Nature, идентифицировали фрагменты геномов ВЭБ, используя референсный геном вируса в данных двух крупнейших в мире биобанков - британского UK Biobank (490 560 участников) и американского All of Us (245 394 участника). Таким образом они создали выборку, в 100 раз превышающую размеры предыдущих исследований ВЭБ.
Был разработан вычислительный метод количественной оценки вирусной нагрузки по числу прочтений. Выделили группы с высоким содержанием ДНК ВЭБ («ДНКемия») и с ее отсутствием или следовыми количествами, после чего сопоставили эти данные с генетикой и историей болезней.
«ВЭБ-виремия» ассоциировалась с лимфомой Ходжкина, ревматоидным артритом, хроническими заболеваниями легких, системной красной волчанкой и синдромом хронической усталости, что согласуется с ролью ВЭБ в иммунной дисрегуляции. Для ряда этих связей ранее уже существовали косвенные данные.
Более высокая частота ВЭБ-виремии отмечалась у родившихся на севере Великобритании, у мужчин, людей старшего возраста и умеренно - у получающих иммуносупрессию.
Выявлены и генетические факторы риска: варианты в HLA II и генах процессинга антигенов повышали вероятность ВЭБ-виремии. Четыре варианта генома ВЭБ чаще встречались при раке носоглотки. Эти данные потенциально важны для разработки терапии, направленной на персистенцию вируса.
Хотя более 90% людей инфицированы ВЭБ, значительная ВЭВ-виремия была обнаружена лишь примерно у 10% участников исследования. Авторы показали, что она вряд ли обусловлена литической активацией вируса, но очевидно, что многие люди с латентной инфекцией не были идентифицированы в этом исследовании. Полученные данные представляют лишь некую подгруппу ВЭБ-инфицированных людей, отмечается в комментарии Nature. Это может объяснить, почему авторы не обнаружили связи с рассеянным склерозом - аутоиммунным заболеванием, для которого инфекция вирусом Эпштейна-Барр является известным фактором риска.
Ограничение предложенного подхода состоит в том, что обнаруживается только ДНК вирусов, персистирующих в крови. Тем не менее этот подход, основанный на анализе уже полученных данных, приносит ценную информацию о взаимодействии человека и его вирома.
Источник: https://pcr.news/novosti/issledovana-dnk-virusa-epshteyna-barr-v-biobankakh-genomov-cheloveka/