Существуют ли эпизодические носители золотистого стафилококка?
Золотистый стафилококк (Staphylococcus aureus) - один из ключевых назальных комменсалов и важный оппортунистический патоген. Его присутствие в полости носа считается главным фактором риска последующих инфекций, причём риск напрямую зависит от характера носительства: устойчивого, эпизодического или отсутствующего. Однако крупномасштабных исследований структуры назального микробиома и его связи с устойчивой колонизацией S. aureus еще не проводилось.
Учёные из Великобритании впервые совместили культуральный метод с секвенированием генов 16S рРНК, проанализировав данные 1 180 взрослых. Участникам трижды, с недельным интервалом, брали мазки из передних отделов носа. Персистентными носителями считали лиц с 3/3 положительных посевов, эпизодическими - с 1-2/3, не-носителями - с 0/3. Среду, в которой транспортировали эти пробы, использовали для секвенирования генов 16S рРНК.
После строгой фильтрации авторы выявили 53 таксона. Анализ альфа-разнообразия показал, что у персистентных носителей микробиота существенно обеднена, и в ней доминирует S. aureus. У не-носителей микробные сообщества были более разнообразными, с преобладанием Corynebacterium spp. и Dolosigranulum pigrum. Анализ бета-разнообразия чётко разделил устойчивых носителей и не-носителей, тогда как эпизодические носители не формировали отдельной группы.
Иерархическая кластеризация выделила семь типов микробных сообществ (CST). Дифференциальный анализ показал, что постоянное носительство связано с высоким уровнем S. aureus и сниженным содержанием Corynebacterium spp., D. pigrum, S. epidermidis и Moraxella catarrhalis, что указывает на возможную конкурентную защиту микробиоты. У женщин чаще встречались кластеры с низким уровнем S. aureus, что согласуется с более редкой устойчивой колонизацией.
Отдельного микробиологического фенотипа эпизодических носителей выявить не удалось: лица с одним положительным мазком были сходны с не-носителями, а с двумя - приближались к персистентным носителям. Это говорит о том, что «эпизодичность» отражает смесь временной колонизации и недоучтённого стабильного носительства.
Модель машинного обучения предсказывала статус носительства по профилю микробиома с точностью около 75%, уверенно различая персистентных носителей и не-носителей, но не эпизодических.
Таким образом, назальное носительство S. aureus сводится к двум устойчивым состояниям: микробиоте с доминированием S. aureus и микробиоте, обогащённой Corynebacterium и Dolosigranulum, ограничивающими его рост. Эпизодические носители не представляют самостоятельного фенотипа, а устойчивое носительство связано как с составом микробиоты, так и с генетическими особенностями штамма.
Источник: https://pcr.news/novosti/sushchestvuyut-li-epizodicheskie-nositeli-zolotistogo-stafilokokka/